Najvažnije tijelo za donošenje odluka u NATO je Sjevernoatlantski savjet (North Atlantic Council - NAC) koji okuplja predstavnike 26 zemalja članica na nivou ambasadora i sastaje se jednom nedjeljno. Pored toga, Savjet se sastaje i na nivou ministara inostranih poslova ili odbrane, šefova vlada i država, u zavisnosti od teme o kojoj se raspravlja na sjednicama Savjeta. Postoji više pomoćnih organa Savjeta od kojih su najvažniji Odbor za planiranje odbrane, Odbor za nuklearno planiranje, Vojni odbor i Politički odbor. Na svim odborima se, takođe, primjenjuje princip konsenzusa - ne postoji glasanje ili donošenje odluka na osnovu većine.

Princip kolektivne odbrane na kojem se temelji ova političko-vojna organizacija sadržan je u članu 5 Vašingtonskog ugovora po kojem se napad na jednu državu članicu smatra kao napad na sve i tijesno je povezan sa članom 51 Povelje UN kojim se definiše pravo na samoodbranu. Sve odluke NATO se donose zajednički, na bazi konsenzusa svih 26 zemalja članica koje zadržavaju svoju punu suverenost. Saradnja između država članica u oblasti ekonomije, nauke, kulture, diplomatsko-političkih odnosa je definisana članom 2 Ugovora.

Konsenzus

NATO svoje djelovanje zasniva na zajedničkoj posvećenosti praktičnoj, međusobnoj saradnji u oblasti odbrane i bezbjednosti. Odluke u NATO donose se isključivo na osnovu konsenzusa, tj. opšte saglasnosti. Iako neke države članice NATO imaju veći politički, vojni i ekonomski uticaj, ne postoji prisila u procesu donošenja odluka. Kada jedna država članica smatra da bi odluka koju NATO razmatra, mogla njenoj nacionalnoj bezbjednosti nanijeti nepovratnu štetu, ne mora se složiti sa njom.
Ako bi moglo doći do toga, odluka se ne donosi sve do trenutka dok se ne pronađe prihvatljivo rješenje.

Svaka država članica može izabrati da djeluje na način za koji smatra da najbolje odgovara njenim nacionalnim interesima. Iz tog razloga, ne postoji sistem glasanja kao u Savjetu bezbjednosti UN ili princip kvalifikovane većine kao u Evropskoj uniji (EU). Umjesto toga, postoji tzv. procedura tišine (eng. silence procedure), koja podrazumijeva intenzivne konsultacije među delegacijama i izradu nacrta
odluke od strane Međunarodnog sekretarijata NATO, koja se dostavlja državama članicama. Ukoliko u zadatom vremenskom roku niko ne „prekine tišinu‿, odluka se automatski usvaja. Ukoliko barem jedna država članica „prekine tišinu‿, to znači da odluka nije usvojena.

Unutar Alijanse vodi se računa i o političkim i vojnim osobenostima pojedinih država članica. U nekim slučajevima razlike mogu biti proceduralne i prevazilaze se bez teškoća. Island, na primjer, nema vojne snage, ali ga u vojnim forumima predstavlja civil. U drugim slučajevima, razlike mogu biti suštinske. U tom smislu, poznat je primjer Francuske, koja se povukla iz integrisane vojne strukture NATO 1966. godine. Španija, od svog pridruživanja 1982. godine, učestvuje u radu Vojnog komiteta NATO, Komiteta za planiranje odbrane i Grupe za nuklearno planiranje, ali u saglasnosti sa odlukama nacionalnog referenduma održanog 1986. godine, ne učestvuje u integrisanoj vojnoj strukturi NATO, istovremeno učestvujući u planiranju kolektivne bezbjednosti.

Konsultacije

U okviru NATO, političke konsultacije su vitalni dio procesa donošenja odluka. NATO nije nadnacionalna organizacija, već savez suverenih država koje su odlučile da dobrovoljno sarađuju, u cilju odbrane zajedničkih interesa. Značaj konsultacija istaknut je još u članu 4. Sjevernoatlantskog ugovora. Stoga se države članice NATO redovno međusobno konsultuju o bezbjednosnim pitanjima od zajedničkog interesa. Važno je istaći da, u okviru NATO, zvanično ne postoji način da neka od zemalja članica nameće svoj stav ili mišljenje drugima. Posljedica ovih temeljnih principa djelovanja NATO je da u radu svih tijela Alijanse učestvuju predstavnici država članica, čija je uloga da ostalim saveznicima predstave stavove svoje države i da izvijeste sopstvene vlade o stavovima drugih saveznika. Naravno, moguće je da razlike u gledištima i stavovima ne mogu da se usklade. U tom slučaju, pojedina država članica je slobodna da nastavi sa svojim izabranim pravcem djelovanja. Nijedna država nije primorana da preduzme akcije ili da donese odluke protiv svoje volje. Međutim, duh kompromisa i osjećaj za zajednički interes i ciljeve obezbijeđuju da uprkos razlikama u mišljenju, postoji dovoljan zajednički osnov da se dođe do saglasnosti. Jednom donijeta odluka Alijanse predstavlja zajednički stav svih
država članica.

Svaka država članica ima stalnu delegaciju u sjedištu NATO, u Briselu. Na čelu stalne delegacije nalazi se stalni civilni predstavnik (na nivou ambasadora). Pored njega, u stalnoj delegaciji nalazi se i vojni predstavnik (eng. Military Representative, MILREP). Svako od njih ima podršku osoblja, civilnih i vojnih savjetnika, koji zastupaju svoje zemlje u različitim odborima NATO. Stalni predstavnici i stalne
delegacije država članica smješteni su u istoj zgradi, što omogućava formalne i neformalne kontakte među njima, ali i sa međunarodnim službenicima NATO.

Konsultacije mogu da se odvijaju u različitom obliku: mogu biti jednostavna razmjena informacija i mišljenja; podnošenje inicijative ili saopštavanje odluka koje je određena vlada donijela; zauzimanje stava koji je od interesa za saveznike; obavještavanje unaprijed o vladinim akcijama ili odlukama, o kojima druge države članice mogu da iznesu mišljenje ili diskusija sa ciljem da se postigne konsenzus
o djelovanju i postupcima koje bi trebalo preduzeti. Konsultacije između saveznika mogu da se održe na zahtijev bilo koga od njih ili na inicijativu generalnog sekretara NATO, u veoma kratkom vremenu.

Mehanizam za konsultacije, u okviru NATO, obezbijeđuje postojanje stalnog dijaloga i niz mogućnosti da se rasprave i razjasne sva pitanja. Svi ovi principi važe za države članice Alijanse, ali ista načela dobrovoljne saradnje, poštovanja nacionalne nezavisnosti i odlučivanja konsenzusom, karakteristika su bilateralne i multilateralne
saradnje NATO i sa drugim državama koje na bilo koji način sarađuju sa Alijansom.

NATO „vojska"

NATO nema stajaću vojsku u klasičnom smislu. Sve države članice koje učestvuju u vojnim aktivnostima Alijanse, stavljaju na raspolaganje snage i sredstava, stvarajući, na taj način, integrisanu vojnu strukturu NATO. Ipak, postoje i manje strukture koje su odgovorne za funkcionisanje instalacija za komunikaciju, vazdušnu odbranu i vazdušni nadzor, kao i za obavještavanje, među kojima je najpoznatiji Vazduhoplovni sistem za upozoravanje i kontrolu (eng. AWACS). Osim ovih, glavni dio tzv. „NATO snaga‿ čine oružane snage država članica, koje su pod komandom tih država, a stavljaju se na raspolaganje Alijansi u slučaju potrebe obavljanja određenih misija, u skladu sa procedurom koju su prethodno usvojile države članice. U svakom slučaju, pod komandom svojih strategijskih komandanata, Alijansa obezbijeđuje zajedničko planiranje, vježbe i raspoređivanje snaga, ustupljenih od
strane država članica, saglasno zajednički usvojenom Pregledu odbrane, u okviru procesa planiranja snaga. U tom smislu, NATO djeluje kao mehanizam za okupljanje snaga, omogućavajući državama članicama da učestvuju u misijama upravljanja krizama, koje ne bi mogle preduzimati samostalno.

Finansiranje NATO
NATO je međuvladina organizacija, kojoj države članice uplaćuju sredstva za obavljanje redovnih aktivnosti i obezbijeđivanje neophodnih uslova za konsultacije, donošenje odluka i dalje sprovođenje utvrđenih odluka i aktivnosti. Ta sredstva države članice direktno uplaćuju u zajednički budžet, prema dogovorenoj formuli za raspodjelu troškova, određenoj prema ekonomskoj moći svake od država
članica. Budući da NATO ima mali broj stalnih komandi i štabova, veći dio finansijskog doprinosa svake države članice, ostvaruje se indirektno, kroz vojne troškove za sopstvene oružane snage, posebno kroz troškove kojima se razvija interoperabilnost sa oružanim snagama drugih država članica. Važan izuzetak je sistem AWACS, koji zajednički posjeduje, kontroliše i upotrebljava NATO. Takođe, države članice snose troškove svojih snaga angažovanih u okviru NATO operacija.
Finansiranje zajedničkog budžeta NATO ostvaruje se kroz odvojene civilne i vojne budžete i kroz poseban „Program investiranja u bezbjednost‿.

• Civilni budžet, između ostalog, obezbijeđuje plate, operativne troškove Međunarodnog sekretarijata, pomoćnih službi Sjevernoatlantskog savjeta i odbora; civilne programe i aktivnosti i troškove održavanja sjedišta NATO.

• Vojni budžet obezbijeđuje tekuće troškove i troškove održavanja integrisane vojne strukture, uključujući Vojni odbor, Međunarodni vojni sekretarijat i povezane agencije; dvije strategijske komande; operativne troškove komandne strukture operacija upravljanja krizama; agencije istraživanja, razvoj i nabavku, kao i AWACS.

• Program investiranja u bezbjednost finansira infrastrukturu i komandne sisteme, koji su neophodni NATO strategijskim komandama, u pojedinim državama članicama, pored onih koji u tim državama već postoje. Na primjer, komunikacioni i informatički sistemi, radari, vojne komande, aerodromi, cjevovodi za gorivo, skladišta, luke i navigaciona sredstva.

Ove budžete nadgledaju odbori za civilni i vojni budžet i Odbor za infrastrukturu. Svaka država članica zastupljena je u ovim tijelima. Svi NATO budžeti podliježu i spoljnoj kontroli. Godišnji budžet NATO javni je dokument, kao i svi godišnji budžeti, od osnivanja Alijanse.