Inicijativu za Jugoistočnu Evropu (eng. South-East Europe Initiative, SEEI) pokrenuo je NATO, na samitu u Vašingtonu, aprila 1999. godine, kao dopirnos unapređenju regionalne saradnje i stabilnosti u Jugoistočnoj Evropi. Inicijativa je zamišljena kao niz programa i prijedloga koji bi uključio, pored država članica Savjeta evroatlantskog partnerstva i Partnerstva za mir i ostale države regiona kao što su Crna Gora, Srbija, Bosna i Hercegovina i Hrvatska, koje u tom trenutku još uvijek nijesu bile njihov dio.

Nadzorna grupa za bezbjednosnu saradnju u Jugoistočnoj Evropi (eng. South-East Europe Security Cooperation Steering Group, SEEGROUP) uspostavljena je oktobra 2000. godine, u svrhu koordinacije i podsticanja projekata koji doprinose bezbjednosti i stabilnosti u regionu. Pored država Jugoistočne Evrope, u radu Nadzorne grupe učestvuju i SAD, Italija, Švajcarska, Velika Britanija, Austrija i Švedska. Nadzorna grupa se okuplja redovno, u sjedištu NATO i njom predsjedava jedna od država učesnica, na rotirajućoj osnovi. Predsjedavajući SEEGROUP 2005. godine bila je Srbija i Crna Gora, 2006. godine to je bila Bosna i Hercegovina, a 2007. godine predsjedavajuća je bila Hrvatska. Jedan od najskorijih primjera saradnje u okviru Nadzorne grupe je izrada Okvirnih smjernica (eng. Framework Guidelines) kojima se razvija i unapređuje bezbjednost granica u cilju koordinacije zajedničkih napora u borbi protiv organizovanog kriminala, terorizma, trgovine ljudima, drogom, oružjem i drugim nedozvoljenim robama i materijalima.

Glavno dostignuće Inicijative za Jugoistočnu Evropu je, svakako, usvajanje Dokumenta o zajedničkim procjenama regionalnih bezbjednosnih izazova i mogućnosti jugoistočne Evrope (eng. South-East Europe Common Assessment Paper on Regional Security Challenges and Opportunities, SEECAP), 29. maja 2001. godine, u Budimpešti. To je iscrpan i akciono orijentisan pregled bezbjednosnog okruženja u jugoistočnoj Evropi, koji odražava zajedničko viđenje izazova i prijetnji, kao i mogućnosti za saradnju u suočavanju sa njima. Za NATO, jugoistočna Evropa predstavlja oblast od posebnog značaja. Angažovana aktivno u ovom regionu, od sredine devedesetih godina, Alijansa je suštinski zainteresovana za očuvanje bezbjednosti u ovom dijelu svijeta, čija nestablilnost, kako je istorija pokazala, direktno ugrožava stabilnost evroatlantskog prostora. Iako je prepustila vođstvo mirovnih operacija Evropskoj uniji u Bosni i Hercegovini i Makedoniji, Alijansa je i dalje odgovorna za mirovnu misiju na Kosovu i Metohiji. Pored toga, NATO aktivno podržava razvoj regionalne saradnje, kao i reformu sistema odbrane u državama regiona. Do kraja 2006. godine, NATO je razvijao saradnju sa državama regiona, u okviru programa Partnerstvo za mir, ali i kroz druge oblike saradnje, prilagođene pojedinim državama, koje su bile izvan ovog programa. U međuvremenu, Alijansi su pristupile Rumunija, Bugarska i Slovenija, 2004. godine,
a Savjetu evroatlantskog partnerstva i Partnerstva za mir su pristupile Crna Gora, Bosna i Hercegovina i Srbija, 14. decembra 2006. godine, čime su sve države ovog regiona uspostavile, u nekom vidu, institucionalnu saradnju sa Alijansom.

Osim toga, pokrenuti su i drugi oblici aktivne regionalne saradnje, kao što su: Inicijativa za saradnju u jugoistočnoj Evropi (eng. South-East Europe Co-operation Initiative, SECI), Sastanci ministara odbrane Jugoistočne Evrope (eng. South-East European Defence Ministerial, SEDM), u čijem okviru je formirana Brigada država jugoistočne Evrope (eng. South-East European Brigade, SEEBRIG), Regionalni centar za verifikaciju i implementaciju kontrole naoružanja (eng. Regional Arms Control Verification and Implementation Assistance Centre, RACVIAC), i druge slične inicijative.