Sve zemlje članice koje učestvuju u vojnom aspektu Alijanse daju svoj doprinos u snagama i opremi, što zajedno konstituiše integrisanu vojnu strukturu Saveza. Ove snage i imovina ostaju pod nacionalnom komandom i kontrolom do momenta kada su potrebne NATO u slučajevima konflikta ili kriza, mirovnih operacija i dr.

NATO ima dvije strategijske komande: Savezničku komandu za operacije – ACO i Savezničku komandu za transformaciju - ACT. Podjela odgovornosti ove dvije komande prethodno je bila geografska, sa jednom strategijskom komandom koja je pokrivala Evropu, i drugom koja je bila nadležna za sjevernu zonu Atlantika.

Racionalizacija vojne komandne strukture odobrena je na NATO samitu u Pragu novembra 2002. godine, uspostavljajući funkcionalnu podjelu odgovornosti na ACO (strategijska komanda za sve NATO operacije) i ACT (strategijska komanda odgovorna za transformaciju odbrambenih sposobnosti NATO, obrazovanje i obuku, kao i unaprijeđenje interoperabilnosti). Nova vojna komandna strukura NATO izraz je opredijeljenja Alijanse za razvojem sposobnosti i održavanjem gotovosti snaga koje su neophodne da bi se adekvatno suočila sa bezbjednosnim izazovima na početku dvadesetprvog vijeka, kao i da bi te sposobnosti mogla upotrijebiti brzo i djelotvorno.

Saveznička komanda za operacije (eng. Allied Command Operations, ACO)

Štab ACO smješten je u Vrhovnoj komandi savezničkih snaga za Evropu (eng. Supreme Headquarters Allied Forces Europe, SHAPE), u Monsu (Belgija). Na operativnom nivou nalaze se dvije Komande združenih snaga, jedna u Brunsumu (Holandija) i druga u Napulju (Italija), kao i Združena komanda u Lisabonu (Portugal). Komande združenih snaga u Brunsumu i Napulju imaju, na taktičkom
nivou, tri potčinjene komande, pojedinačno nadležne za svaki od tri vida vojske (kopnene snage, vazduhoplovstvo i mornarica). Tako se, pod Komandom združenih snaga u Brunsumu, nalazi Komanda vazduhoplovne komponente u Ramštajnu (Njemačka) Komanda pomorske komponente u Nortvudu (Velika Britanija) i Komanda kopnene komponente u Hajdelbergu (Njemačka). S druge strane, pod Komandom združenih snaga u Napulju, nalazi se Komanda vazduhoplovne komponente u Izmiru (Turska), Komanda pomorske komponente u Napulju (Italija) i Komanda kopnene komponente u Madridu (Španija). U okviru komandi vazduhoplovne komponente, postoje četri kombinovana centra za vazduhoplovne operacije: Uedem (Njemačka), Finderup (Danska), Pođo Renatiko (Italija) i Larisa (Grčka)

Na čelu ACO nalazi se Vrhovni komandant savezničkih snaga u Evropi (eng. Supreme Allied Commander Europe, SACEUR), koji je istovremeno i komandant Evropske komande SAD (eng. US European Command, EUCOM) sa sjedištem u Štutgartu (Njemačka).

Saveznička komanda za transformaciju (eng. Allied Command Transformation, ACT)

ACT se nalazi u Norfolku, Virdžinija (SAD) i na njenom čelu je Vrhovni saveznički komandant za transformaciju (eng. Supreme Allied Commander Transformation, SACT). ACT je odgovorna za unaprijeđivanje i nadzor tekuće transformacije vojne strukture, snaga, sposobnosti i doktrine NATO, kojima se povećava odbrambena moć Alijanse i njenih partnera, u skladu sa strateškim opredijeljenjima. Posebnu pažnju ACT posvećuje unaprijeđivanju obrazovanja i obuke i usavršavanju interoperabilnosti u okviru Alijanse. U ostvarivanju tog cilja, ACT je zadužen i za razvoj naučno-istraživačkih i tehnoloških programa. U vezi sa tim, ACT je nadređena komanda za niz istraživačkih institucija i centara za obuku, kao što su NATO koledž u Rimu ili NATO škola u Oberamergau (Njemačka).

Vrhovni saveznički komandant za transformaciju je istovremeno i komandant Združenih snaga SAD.